Cuál es el verdadero origen de la variante Ómicron
Viernes 23 de
Diciembre 2022
Es predominante en el mundo y la responsable de todos los casos de COVID en 2022. Qué habían postulado investigadores de Alemania y de varios países de África que generó una polémica
Ómicron es la variante del coronavirus, que causa el COVID, que ha logrado propagarse por todo el mundo y convertirse en la predominante durante todo el año 2022. Tras la BA.1 original, han surgido varios sublinajes. Desde octubre de este año, dos subvariantes de BA.5, denominadas BQ.1 y BQ.1.1, se han extendido rápidamente por el planeta. Sin embargo, el origen de Ómicron siempre fue una pregunta pendiente para los investigadores científicos.
Un estudio reciente publicado en la revista Science propuso que los antepasados de la variante Ómicron circularon sin ser detectados en África durante meses, antes de que “saltara” la alarma en noviembre de 2021. Pero esa hipótesis disparó un intenso debate en la comunidad científica, y hoy los investigadores que hicieron el trabajo decidieron la retracción del estudio.
El trabajo fue liderado por Felix Drexler, virólogo y profesor de la prestigiosa Clínica Universitaria Charité de Berlín, Alemania.
En el trabajo, los científicos habían afirmado que habían identificado secuencias que proceden de los predecesores de Ómicron. Habían postulado que esos predecesores se propagaron a partir de agosto de 2021, unos tres meses antes de que los investigadores de Sudáfrica y Botsuana comunicaran la detección de Ómicron.
Después de que varias publicaciones en las redes sociales sugirieran que estas secuencias de los primeros antepasados de Ómicron podrían haber sido falsos positivos, “volvimos a analizar nuestros datos y las muestras residuales”, contaron los investigadores en su retractación del 20 de diciembre.
“Encontramos una mezcla de diferentes fragmentos genómicos de SARS-CoV-2 contaminando algunas de las muestras y datos de secuencias en los que basamos nuestro análisis. Las muestras residuales están ahora agotadas, y la reconstrucción de los intermediarios evolutivos no puede reproducirse. Por lo tanto, nos retractamos de nuestro artículo de investigación”, escribieron.
Sin embargo, otros investigadores -que no participaron en el estudio- manifestaron que las secuencias informadas por el estudio en Science eran probablemente el resultado de una contaminación en el laboratorio. “Soy algo escéptica con este artículo”, afirmó Angela Rasmussen, viróloga de la Universidad de Saskatchewan, en Saskatoon, Canadá, en diálogo con la revista Nature semanas atrás.
Rasmussen no estaba convencida de que el análisis descarte la contaminación durante la preparación y secuenciación de las muestras, un problema que es frecuente para los investigadores en este campo. Es que la aparición de Ómicron había dejado perplejos a los investigadores. La variante contiene una serie de mutaciones inusuales que no se habían visto antes. Actualmente, existen tres hipótesis sobre las condiciones que podrían haber dado lugar a esta variante actualmente predominante.
Una hipótesis es que Ómicron evolucionó gradualmente en una parte del mundo donde las pruebas y la secuenciación genómica son limitadas. Otra es que se propagó sin ser detectada en animales. La tercera es que las mutaciones se acumularon en personas con sistemas inmunitarios comprometidos, que se habían infectado durante largos períodos.
Las investigaciones realizadas durante el último año han apoyado la tercera teoría, pero los últimos análisis sugieren que Ómicron podría haber evolucionado sin ser detectado en África occidental, donde la secuenciación es poco frecuente.
Como parte del estudio, laboratorios de 22 países africanos analizaron más de 13.000 muestras de virus tomadas de personas que habían tenido COVID-19 entre mediados de 2021 y principios de 2022. Estas muestras no se habían secuenciado en el momento de la recolección.
El equipo desarrolló una prueba rápida y específica para identificar la subvariante Ómicron BA.1 y la variante Delta. “Esta es una forma realmente genial de hacer una vigilancia específica de la variante”, comentó Joshua Levy, matemático aplicado de Scripps Research en La Jolla, California.
Los investigadores descubrieron que, a finales de diciembre de 2021, Ómicron había reemplazado a Delta como variante dominante en toda África. Empezó en el sur y subió hacia el oeste y el este, antes de tomar el relevo en el norte de África.
También secuenciaron cinco muestras de virus de Benín, en África Occidental, recogidas entre el 22 de agosto y el 27 de octubre de 2021, meses o semanas antes de que se detectara por primera vez Ómicron. El análisis genómico de la relación evolutiva entre estas primeras secuencias y Ómicron sugiere que podrían ser sus antepasados cercanos.
Las primeras secuencias contenían algunas de las mutaciones que hacen que BA.1 sea tan transmisible, afirmó el doctor Drexler. Son “instantáneas de cómo era el virus cuando llegaba a Ómicron”. El científico expresó que esta variante probablemente evolucionó gradualmente al propagarse de persona a persona, muchas de las cuales podrían haber desarrollado ya cierta inmunidad al virus.
Pero investigadores que han revisado el estudio y las secuencias del virus de Benín, que se han publicado en un repositorio público, afirman que probablemente se trate de falsos positivos.
El patrón de evolución observado en las muestras virales no sigue un orden secuencial, lo que cabe esperar si el virus evolucionara gradualmente con el tiempo, advirtió Joel Wertheim, epidemiólogo molecular de la Universidad de California, en San Diego. “Esto no parece una evolución del coronavirus SARS-CoV-2, sino una contaminación del SARS-CoV-2″, aclaró.
Otra señal de alarma es que muchas de las secuencias de Benín parecen llevar varias modificaciones específicas del Delta, según Levy. “Es muy improbable que estas mutaciones hubieran aparecido en una muestra que no fuera del Delta”, comentó.
Para explicar algunas de estas observaciones, los investigadores afirman que, o bien el virus tuvo que pasar por una amplia recombinación -en la que los patógenos intercambian trozos de ARN entre sí- o bien las secuencias son el resultado de una contaminación en el laboratorio. Richard Neher, biólogo computacional de la Universidad de Basilea, en Suiza, estimó que la recombinación es poco probable y no concuerda con lo observado hasta ahora en la evolución del SARS-CoV-2.
Una explicación alternativa que requiere más investigación es que las muestras que contenían cantidades muy pequeñas de la variante Delta estuvieran contaminadas con Ómicron, señaló Darren Martin, biólogo computacional de la Universidad de Ciudad del Cabo, en Sudáfrica. “Considero que ésta es la explicación más probable”, afirmó Neher. Por la rapidez en que Ómicron se propagó una vez que entró en la población general, es poco probable que haya circulado durante varios meses sin ser detectado por África, sostuvo.
Antes de retractarse, Drexler había enfatizado en que él y su equipo utilizaron varias técnicas para garantizar que su secuenciación fuera lo más sólida posible. Pero volvieron a comprobar sus datos cuidadosamente. “En caso de que haya habido un error, a pesar de todas nuestras precauciones, lo trataremos adecuadamente, por supuesto”, reconoció.
Varios investigadores habían solicitado a los autores del artículo datos detallados sobre la secuenciación, y muchos se reservaban su opinión hasta haber examinado los datos brutos.
En última instancia, el estudio señala la importancia de la secuenciación genómica para el seguimiento de las enfermedades infecciosas. Según Tulio de Oliveira, nacido en Brasil y bioinformático del Centro de Respuesta Epidémica e Innovación de la Universidad de Stellenbosch, los investigadores sudafricanos detectaron a Ómicron a tiempo y este artículo pone de relieve la solidez de su vigilancia genómica. El científico lideró el estudio que dio la voz de alarma sobre esta variante, que fue reportado a la OMS en noviembre de 2021.
Un estudio reciente publicado en la revista Science propuso que los antepasados de la variante Ómicron circularon sin ser detectados en África durante meses, antes de que “saltara” la alarma en noviembre de 2021. Pero esa hipótesis disparó un intenso debate en la comunidad científica, y hoy los investigadores que hicieron el trabajo decidieron la retracción del estudio.
El trabajo fue liderado por Felix Drexler, virólogo y profesor de la prestigiosa Clínica Universitaria Charité de Berlín, Alemania.
En el trabajo, los científicos habían afirmado que habían identificado secuencias que proceden de los predecesores de Ómicron. Habían postulado que esos predecesores se propagaron a partir de agosto de 2021, unos tres meses antes de que los investigadores de Sudáfrica y Botsuana comunicaran la detección de Ómicron.
Después de que varias publicaciones en las redes sociales sugirieran que estas secuencias de los primeros antepasados de Ómicron podrían haber sido falsos positivos, “volvimos a analizar nuestros datos y las muestras residuales”, contaron los investigadores en su retractación del 20 de diciembre.
“Encontramos una mezcla de diferentes fragmentos genómicos de SARS-CoV-2 contaminando algunas de las muestras y datos de secuencias en los que basamos nuestro análisis. Las muestras residuales están ahora agotadas, y la reconstrucción de los intermediarios evolutivos no puede reproducirse. Por lo tanto, nos retractamos de nuestro artículo de investigación”, escribieron.
Sin embargo, otros investigadores -que no participaron en el estudio- manifestaron que las secuencias informadas por el estudio en Science eran probablemente el resultado de una contaminación en el laboratorio. “Soy algo escéptica con este artículo”, afirmó Angela Rasmussen, viróloga de la Universidad de Saskatchewan, en Saskatoon, Canadá, en diálogo con la revista Nature semanas atrás.
Rasmussen no estaba convencida de que el análisis descarte la contaminación durante la preparación y secuenciación de las muestras, un problema que es frecuente para los investigadores en este campo. Es que la aparición de Ómicron había dejado perplejos a los investigadores. La variante contiene una serie de mutaciones inusuales que no se habían visto antes. Actualmente, existen tres hipótesis sobre las condiciones que podrían haber dado lugar a esta variante actualmente predominante.
Una hipótesis es que Ómicron evolucionó gradualmente en una parte del mundo donde las pruebas y la secuenciación genómica son limitadas. Otra es que se propagó sin ser detectada en animales. La tercera es que las mutaciones se acumularon en personas con sistemas inmunitarios comprometidos, que se habían infectado durante largos períodos.
Las investigaciones realizadas durante el último año han apoyado la tercera teoría, pero los últimos análisis sugieren que Ómicron podría haber evolucionado sin ser detectado en África occidental, donde la secuenciación es poco frecuente.
Como parte del estudio, laboratorios de 22 países africanos analizaron más de 13.000 muestras de virus tomadas de personas que habían tenido COVID-19 entre mediados de 2021 y principios de 2022. Estas muestras no se habían secuenciado en el momento de la recolección.
El equipo desarrolló una prueba rápida y específica para identificar la subvariante Ómicron BA.1 y la variante Delta. “Esta es una forma realmente genial de hacer una vigilancia específica de la variante”, comentó Joshua Levy, matemático aplicado de Scripps Research en La Jolla, California.
Los investigadores descubrieron que, a finales de diciembre de 2021, Ómicron había reemplazado a Delta como variante dominante en toda África. Empezó en el sur y subió hacia el oeste y el este, antes de tomar el relevo en el norte de África.
También secuenciaron cinco muestras de virus de Benín, en África Occidental, recogidas entre el 22 de agosto y el 27 de octubre de 2021, meses o semanas antes de que se detectara por primera vez Ómicron. El análisis genómico de la relación evolutiva entre estas primeras secuencias y Ómicron sugiere que podrían ser sus antepasados cercanos.
Las primeras secuencias contenían algunas de las mutaciones que hacen que BA.1 sea tan transmisible, afirmó el doctor Drexler. Son “instantáneas de cómo era el virus cuando llegaba a Ómicron”. El científico expresó que esta variante probablemente evolucionó gradualmente al propagarse de persona a persona, muchas de las cuales podrían haber desarrollado ya cierta inmunidad al virus.
Pero investigadores que han revisado el estudio y las secuencias del virus de Benín, que se han publicado en un repositorio público, afirman que probablemente se trate de falsos positivos.
El patrón de evolución observado en las muestras virales no sigue un orden secuencial, lo que cabe esperar si el virus evolucionara gradualmente con el tiempo, advirtió Joel Wertheim, epidemiólogo molecular de la Universidad de California, en San Diego. “Esto no parece una evolución del coronavirus SARS-CoV-2, sino una contaminación del SARS-CoV-2″, aclaró.
Otra señal de alarma es que muchas de las secuencias de Benín parecen llevar varias modificaciones específicas del Delta, según Levy. “Es muy improbable que estas mutaciones hubieran aparecido en una muestra que no fuera del Delta”, comentó.
Para explicar algunas de estas observaciones, los investigadores afirman que, o bien el virus tuvo que pasar por una amplia recombinación -en la que los patógenos intercambian trozos de ARN entre sí- o bien las secuencias son el resultado de una contaminación en el laboratorio. Richard Neher, biólogo computacional de la Universidad de Basilea, en Suiza, estimó que la recombinación es poco probable y no concuerda con lo observado hasta ahora en la evolución del SARS-CoV-2.
Una explicación alternativa que requiere más investigación es que las muestras que contenían cantidades muy pequeñas de la variante Delta estuvieran contaminadas con Ómicron, señaló Darren Martin, biólogo computacional de la Universidad de Ciudad del Cabo, en Sudáfrica. “Considero que ésta es la explicación más probable”, afirmó Neher. Por la rapidez en que Ómicron se propagó una vez que entró en la población general, es poco probable que haya circulado durante varios meses sin ser detectado por África, sostuvo.
Antes de retractarse, Drexler había enfatizado en que él y su equipo utilizaron varias técnicas para garantizar que su secuenciación fuera lo más sólida posible. Pero volvieron a comprobar sus datos cuidadosamente. “En caso de que haya habido un error, a pesar de todas nuestras precauciones, lo trataremos adecuadamente, por supuesto”, reconoció.
Varios investigadores habían solicitado a los autores del artículo datos detallados sobre la secuenciación, y muchos se reservaban su opinión hasta haber examinado los datos brutos.
En última instancia, el estudio señala la importancia de la secuenciación genómica para el seguimiento de las enfermedades infecciosas. Según Tulio de Oliveira, nacido en Brasil y bioinformático del Centro de Respuesta Epidémica e Innovación de la Universidad de Stellenbosch, los investigadores sudafricanos detectaron a Ómicron a tiempo y este artículo pone de relieve la solidez de su vigilancia genómica. El científico lideró el estudio que dio la voz de alarma sobre esta variante, que fue reportado a la OMS en noviembre de 2021.
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