Su protagonismo comenzó el 25 de mayo de 1810, al asumir la Secretaría de Guerra y Gobierno de la Primera Junta, cuando dijo en su discurso inaugural: “La variación presente no debe limitarse a suplantar a los funcionarios públicos e imitar su corrupción y su indolencia. Es necesario destruir los abusos de la administración, desplegar una actividad que hasta hoy no se ha conocido, promover el remedio de los males que afligen al Estado, excitar y dirigir el espíritu público, educar al pueblo, destruir o contener a sus enemigos y dar nueva vida a las provincias. Si el gobierno huye el trabajo; si sigue las huellas de sus predecesores, conservando la alianza con la corrupción y el desorden, hará traición a las justas esperanzas del pueblo y llegará a ser indigno de los altos destinos que se han encomendado en sus manos”.
 
Desde su cargo en la Junta desplegará toda su actividad revolucionaria. Bajo su impulso, la Junta produjo la apertura de varios puertos al comercio exterior, intentando combatir el “monopolio de los contrabandistas”, redujo los derechos de exportación y redactó un reglamento de comercio, procurando  mejorar la situación económica y la recaudación fiscal. Según afirmaba Moreno: “El contrabando se ejercía en esta ciudad con tanto descaro, que parecía haber perdido ya toda su deformidad, el resguardo no se ha hecho expectable sino por la complicidad que generalmente se le atribuía ¡Con qué rubor debe recordarse la memoria de esos gobiernos, a cuya presencia brilló el lujo criminal de hombres que no conocían más ingresos que los del contrabando que protegían! (…)”
 
Moreno participó activamente en la creación de la biblioteca pública y se ocupó personalmente del fomento de la educación, porque, como decía en un escrito: “Nada hay más digno de la atención de los magistrados que promover por todos los medios la mejora de la educación pública” para lo cual promovió la redacción e impresión de un libro de texto con las “nuevas ideas” encargando a los Cabildos “repartirlo gratuitamente a los niños pobres de todas las escuelas y obligar a los hijos de padres pudientes a que lo compren en la imprenta.” 1
 
Siguiendo con la educación, creó la jubilación para todos los docentes “ofreciéndoles una particular protección del gobierno en todas las pretensiones que promuevan”.
 
Promovió la instrucción de los militares porque: “el oficial de nuestro ejército después de asombrar al enemigo por su valor, debe ganar a los pueblos por el irresistible atractivo de su instrucción. El que se encuentre desnudo de estas cualidades redoble sus esfuerzos para adquirirlas, y no se avergüence de una dócil resignación a la enseñanza que se le ofrece, pues en un pueblo naciente todos somos principiantes, y no hay otra diferencia que la de nuestros buenos deseos: el que no sienta los estímulos de una noble ambición de saber y distinguirse en su carrera, abandónela con tiempo, y no se exponga al seguro bochorno de ser arrojado con ignominia: busque para su habitación un pueblo de bárbaros o de esclavos y huya de la gran Buenos Aires que no quiere entre sus hijos hombres extranjeros a las virtudes.” 2
 
Reivindicó a su querido amigo Manuel Belgrano abriendo su soñada Escuela de Matemáticas boicoteada por los personeros del Consulado.
 
El 7 de junio de 1810 fundó el órgano oficial del gobierno revolucionario, La Gaceta de Buenos Aires, donde escribió: “El pueblo tiene derecho a saber la conducta de sus representantes, y el honor de éstos se interesa en que todos conozcan la execración con que miran aquellas reservas y misterios inventados por el poder para cubrir sus delitos. El pueblo no debe contentarse con que sus jefes obren bien, debe aspirar a que nunca puedan obrar mal. Para el logro de tan justos deseos ha resuelto la Junta que salga a la luz un nuevo periódico semanal con el título de Gazeta de Buenos Aires”. 3
 
Se dio el gusto de publicar en sus páginas  -a la manera de los folletines por entregas tan de moda en los periódicos europeos de la época- El Contrato Social de su admirado Rousseau, para que lo conozca la mayor cantidad de ciudadanos posibles. Como no desconocía el alarmante porcentaje de analfabetismo, ordenó que se leyera desde los púlpitos de las iglesias, lo que puso un poco nerviosos a algunos sacerdotes contrarrevolucionarios. En el prólogo a la obra decía: “Si los pueblos no se ilustran, si no se vulgarizan sus derechos, si cada hombre no conoce, lo que vale, lo que puede y lo que sabe, nuevas ilusiones sucederán a las antiguas y después de vacilar algún tiempo entre mil incertidumbres, será tal vez nuestra suerte, mudar de tiranos, sin destruir la tiranía”. 4
 
Por razones estratégicas Moreno suprimió el último capítulo del Contrato Social. No era momento de abrir un frente de conflicto con la Iglesia, en cuyo seno había un importante sector partidario de la Revolución. Moreno justificó la censura diciendo: “Como el autor tuvo la desgracia de delirar en materias religiosas, suprimo el capítulo y principales pasajes donde ha tratado de ellas”.
 
Uno de los párrafos censurados por Moreno decía lo siguiente: “La religión es necesaria a los pueblos y a los jefes de las naciones; ningún imperio existió jamás sin ella. No confundamos la religión con el ceremonial de ella. El culto que pide Dios es el del corazón; y éste, cuando es sincero, siempre es uniforme. Vanidad muy loca es figurarse que tanto interés tome Dios en la forma del vestido del sacerdote, en el orden de las palabras que pronuncia, en los ademanes que hace en el altar y en todas sus genuflexiones”. 5
 
En realidad, como señala Boleslao Lewin, Moreno, que era un católico practicante, acordaba absolutamente con todas las ideas de Rousseau, incluso las religiosas y así lo expresó en uno de sus primeros escritos de absoluta inspiración Roussoniana: “El culto exterior no tiene una intrínseca relación al objeto a que se determina; ahora es una acción de reverencia doblar la rodilla, y mañana podría ser una señal de burla o desacato”. 6
 
La Gaceta será mucho más que el órgano oficial de un gobierno, será una tribuna de opinión en el que por primera vez los ciudadanos del ex virreinato accedían a las ideas más modernas que los iban sacando lentamente de las pesadillas del atraso a los que los habían llevado casi 300 años de educación escolástica.